V Piranu rojena Katja Pegan je študij gledališke in radijske režije na AGRFT v Ljubljani končala leta 1989 z diplomsko predstavo Don Lorenzo V. Bartola pod mentorskim vodstvom Dušana Mlakarja; predstava je bila tistega leta izbrana v tekmovalni program Festivala Borštnikovo srečanje. Po končanem študiju se je vrnila na Primorsko, ki ji je ostala zvesta do danes: bila je pobudnica ter med letoma 1993 in 1995 umetniški vodja Primorskega poletnega festivala, med letoma 1994 in 1999 tudi umetniški vodja Primorskega dramskega gledališča Nova Gorica (danes SNG Nova Gorica). Ob ponovni profesionalizaciji koprskega gledališča (2000) je 1. marca 2001 postala vršilka dolžnosti direktorja Gledališča Koper, 30. novembra 2001 njegova direktorica in umetniška vodja, leta 2014 pa je kot del dejavnosti Gledališča Koper ponovno prevzela skrb nad Primorskim poletnim festivalom.

Kot režiserka je Katja Pegan do danes podpisala skoraj 60 uprizoritev v malodane vseh slovenskih profesionalnih gledaliških hišah pa tudi na Hrvaškem in v Srbiji. V Gledališču Koper je režirala 17 uprizoritev, med katerimi velja omeniti Krčmarico Mirandolino C. Goldonija (2002), Filumeno Marturano E. de Filippa (Gledališče Koper in SNG Nova Gorica, 2012) in Jeklene magnolije (Gledališče Koper in SNG Nova Gorica, 2016).

Posebno mesto v njenem ustvarjalnem opusu zavzemajo (krstne) uprizoritve besedil za otroke in mladino. Med najuspešnejšimi so tiste po proznih predlogah Dese Muck za PG Kranj – Blazno resno zadeti (2004), Blazno resno slavni (2006) in Blazno resno o seksu (2009) –, ki so Peganovi skupaj z drugimi režijami besedil za otroke prinesle »naziv« mojstrica otroških predstav. Za najmlajše obiskovalce gledališča je po proznih predlogah priredila za oder in režirala tudi besedila Ti in jaz, Mali medo M. Waddella (SSG Trst, 1999; Žar ptica, Zagreb, 2001) in Mavrična ribica M. Pfisterja (Gledališče Koper, 2003).

Otrokom, predvsem pa mladini je namenjeno tudi njeno pedagoško delo. Svoje znanje je kot asistentka za gledališko in lutkovno vzgojo študentom posredovala na Pedagoški fakulteti Univerze na Primorskem, od leta 2008 pa v okviru dejavnosti Gledališča Koper vodi Gledališki trening.

Katja Pegan, ki danes živi v Kopru, je režirala tudi več kot 20 proslav na občinski in državni ravni.